Funkcionalna izomerija je podvrsta strukturne izomerije. Izomeri imajo enako molekulsko formulo, razlikujejo se pa v tem, da imajo v svoji zgradbi vezane različne funkcionalne skupine.
Pri tem moramo upoštevati tudi možne kombinacije funkcionalnih skupin, ki dajo dvema različnima spojinama isto molekulsko formulo. Te so:
- alkohol ↔ eter:
CH3-CH2-CH2-CH2-OH (butan-1-ol) ↔ CH3-CH2-O-CH2-CH3 (dietil eter)
- karboksilna kislina ↔ ester:
CH3-CH2-COOH (etanojska kislina) ↔ CH3-COO-CH2-CH3 (etil metanoat)
- aldehid ↔ keton:
CH3-CH2-CHO (etanal) ↔ CH3-CO-CH3 (dimetil keton)